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„Ihr Instrument sprengt die Workstation – und die Warteschlange Ihre Geduld“

Instrumentendaten. Antworten in Minuten.

Interaktive Reduktion großer Instrumentendateien, ohne einen Cluster-Job in die Warteschlange zu stellen

Das Problem
  • Die Rohdaten passen nicht mehr auf eine Workstation, und in der HPC-Warteschlange vergehen Tage.
  • Meine Pipeline ist ein Jupyter-Notebook, das nur ich ausführen kann, und das Ergebnis des Vorjahres kann ich nicht reproduzieren.
  • Niemand kann sagen, welcher Code und welche Eingaben diese Zahl erzeugt haben.
Mit PROTOR
  • Interaktive Reduktion großer Instrumentendateien, ohne einen Cluster-Job in die Warteschlange zu stellen
  • Wiederholbare, zitierfähige Analyse: gleiche Eingaben liefern gleiche Ausgaben, mit einem Hash pro Schritt
  • Am Laborplatz entwickeln, ohne Neuentwicklung hochskalieren, kein Datenabfluss

Von heute zum ersten Ergebnis.

Was Sie heute tun

eine Workstation, ein Notebook und eine HPC-Warteschlange

Die Rohdaten passen nicht mehr auf eine Workstation, die HPC-Warteschlange braucht Tage, und niemand kann sagen, welcher Code und welche Eingaben eine Abbildung erzeugt haben.

Mit PROTOR

100 Mio. Zeilen auf zwei Maschinen in 14,7 s summiert, 1 Mrd. Zeilen in 32,1 ms auf einem Notebook – und ein signierter Workflow liefert aus denselben Eingaben dasselbe Ergebnis.

Ihr erster Schritt

Lassen Sie einen Reduktionsschritt auf einem Notebook neben dem HPC-Job laufen und vergleichen Sie die Ergebnisse.

ein Reduktionsschritt
So läuft es

Eine Abfrage über zwei Maschinen. Schritt für Schritt.

100 Millionen Zeilen werden nach Schlüssel auf zwei Maschinen verteilt und mit einer einzigen Abfrage beantwortet.

PROTOR · Eine Abfrage über zwei Maschinenläuft
ZufallsdatenGenerators.RandomCluster-KnotenCluster.NodeSteuerknotenWorkflow.Streaming.CommaCLI-ProzessorETL.CLIProcessor
  1. ZufallsdatenGenerators.Random
  2. Cluster-KnotenCluster.Node
  3. SteuerknotenWorkflow.Streaming.CommandControlNode
  4. CLI-ProzessorETL.CLIProcessor
Knoten
src → Generators.Random
fab → Cluster.Node
q → Workflow.Streaming.CommandControlNode
out → ETL.CLIProcessor
100 Mio. Zeilen auf zwei Maschinen · SUM + COUNT in 14,7 s · gemessen
  1. ZufallsdatenErzeugt 100.000.000 Zeilen mit festem Startwert.
  2. Cluster-KnotenVerteilt die Zeilen per Schlüssel-Hash auf Master und Peer.
  3. SteuerknotenFührt SELECT SUM(v), COUNT(*) auf dem Cluster aus.
  4. CLI-ProzessorGibt das Ergebnis aus.

Ein echter Workflow aus unserer End-to-End-Testsuite; die Designer-Ansicht ist illustriert.

Das erhalten Sie. Ab dem ersten Pilotprojekt.

Interaktive Reduktion großer Instrumentendateien, ohne einen Cluster-Job in die Warteschlange zu stellen

Wiederholbare, zitierfähige Analyse: gleiche Eingaben liefern gleiche Ausgaben, mit einem Hash pro Schritt

Am Laborplatz entwickeln, ohne Neuentwicklung hochskalieren, kein Datenabfluss

Warum Ihre Werkzeuge an Grenzen stoßen.

×

Spark/Dask brauchen einen Cluster und Betriebskompetenz, die den meisten Laboren fehlt

×

Snakemake/Nextflow orchestrieren Jobs, machen die Berechnung selbst aber weder schnell noch deterministisch

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Cloud-Analytik scheitert an Datenschutz und Egress-Kosten

Was den Druck erzeugt
  • Datenmengen wachsen Workstations über den Kopf
  • Erwartungen von Fördergebern und Fachzeitschriften an Reproduzierbarkeit
  • Datenschutzgrenzen für den Datentransfer
  • Teure Instrumente stehen still, weil die Auswertung hinterherhinkt

Ihr Pilotprojekt. Drei Schritte.

1

Ihre Daten und Ihr Ziel

Sagen Sie uns, welche Daten Sie haben, wo sie liegen und welches Ergebnis Sie brauchen.

2

Ein klar abgegrenzter Pilot

Auf Ihren Daten und Ihrer Hardware, mit vorab festgehaltenem Erfolgsmaßstab.

3

Eine klare Entscheidung

Sie sehen das Ergebnis an diesem Maßstab – und behalten jeden Workflow und jeden Datensatz.

Beta · Design-Partner gesucht

Zeigen Sie uns Ihr schwierigstes Datenproblem. Wir lösen es gemeinsam.

Ein kurzes Pilotprojekt mit Ihren Daten auf Ihrer Hardware. Was Erfolg bedeutet, legen wir vorher gemeinsam fest.